Se comunicaron importantes impactos positivos particularmente para la fauna. La certificación FSC contribuye a preservar las especies animales, entre ellas algunas incluidas por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza en la lista de especies vulnerables y en peligro.

Erica Di Girolami y Bas Arts de la Universidad de Wageningen publicaron recientemente el estudio Impactos ambientales de la certificación forestal (en inglés). Los investigadores analizaron 31 documentos que estudiaban los impactos ambientales que el FSC supone para los tres tipos diferentes de bosques: boreales, templados y tropicales. Se analizaron los impactos ambientales sobre la fauna, la flora y los servicios del ecosistema.

El estudio cuenta con algunas limitaciones ya que, por ejemplo, la mayoría de los estudios disponibles solo estaban enfocados en los bosques tropicales y el FSC, y únicamente unos pocos se centraban en otros tipos de bosques y en organizaciones homólogas del FSC. No obstante, los autores establecieron que el FSC supuso impactos positivos, especialmente en la riqueza de las especies de fauna. Las prácticas de aprovechamiento de impacto reducido en las concesiones certificadas por el FSC jugaron un papel importante en el mantenimiento de la riqueza de especies, junto con otros factores como las estrictas regulaciones de caza dentro de estas zonas.

El impacto sobre la flora y los servicios del ecosistema también se consideraron en general positivos, aunque de forma menos prominente que para la fauna. Por ejemplo, en Indonesia, las concesiones certificadas por el FSC han experimentado una reducción de la contaminación del aire de un 31% de media entre 2000 y 2008. Asimismo, algunos estudios mostraban que, en algunos casos, el FSC logró detener o reducir la deforestación en las operaciones forestales en los bosques tropicales. Se extrajeron estos resultados positivos en comparación con los  bosques explotados de manera convencional y las áreas protegidas.

Los estudios llevados a cabo en bosques templados demostraron, por ejemplo, que la certificación FSC de los bosques de alcornoque en Portugal fomenta la regeneración de los robles y contribuye a preservar una alta diversidad vegetal en las áreas de conservación y en los arroyos.